Tio varianter av den dödliga Escherichia coli-stammen som drabbade Tyskland i maj 2011 har sekvenserats över hela världen. Den oöverträffade nivån av samarbete mellan det vetenskapliga samfundet borde ge insikt i hur utbrottet uppstod, säger en forskare vid Society for General Microbiologys höstkonferens 2011.
Sekvensering av bakterien startade i början av juni på BGI, Kina. Deras sekvens tillhandahölls i utkast till forskarsamhället som ett crowdsourcing-projekt. Detta gjorde det möjligt för forskare, inklusive de vid The Genome Analysis Center (TGAC) i Norwich att identifiera nyckelsjukdomsframkallande gener. Dr Lisa Crossman, Microbial Genome Project Leader vid TGAC, förklarade, "Vi har funnit att E. coli-stammen som är ansvarig för utbrottet bär på ett mycket stort antal gener som är kända för att vara involverade i sjukdomar. Dessa inkluderar gener som påverkar bakteriens förmåga att fäster på ytor och överlevnadsgener som ökar toleransen mot hög surhet, låg syreh alt, UV-ljus och antibiotika."
Utbrottet av E. coli O104:H4 resulterade i ett stort antal fall av blodig diarré och hemolytiskt uremiskt syndrom (HUS) i Tyskland och i 15 andra länder i Europa och Nordamerika. De tidigaste studierna antydde att förorenade gurkor var skyldiga. Den 10 juni identifierades dock råa böngroddar som infektionskällan. Över 4 000 fall och cirka 50 dödsfall har hittills inträffat i 16 länder i Europa och Nordamerika. Utbrottet har också haft en mycket stor ekonomisk inverkan på marknaden för färska grönsaker, särskilt i Spanien och i hela Europa.
Crowd-sourcing-forskare fann att utbrottsstammen är närmast besläktad med en stam av E.coli som ursprungligen isolerades i Centralafrika för några år sedan, vilket var ansvarigt för fall av allvarlig diarré. "E. coli O104:H4-utbrottsstammen har fått förmågan att göra ett toxin från en bakteriell viruskälla vilket har gjort det farligare", förklarade Dr Crossman.
Den aldrig tidigare skådade globala crowd-sourcing-insatsen innebar att läkarna på en mycket omedelbar sikt kunde skilja denna stam från andra, sa Dr Crossman. "Att veta vilka antibiotikaresistensgener som bärs av stammen, till exempel, kan ge oss mer insikt om källan till utbrottet och hjälpa oss att undvika att liknande utbrott inträffar i framtiden", sa hon.
Institutioner runt om i världen har nu isolerat tio olika varianter av E. coli O104:H4. "Dessa varianter representerar en enorm resurs för att undersöka denna bugg på ett nytt, snabbt och spännande sätt. Genom att studera de genetiska faktorer som är involverade i överlevnaden av denna bakterie på ytor hoppas vi få en vinkel på hur denna organism har kunnat få ett fotfäste i den globala livsmedelskedjan", föreslog Dr Crossman.
